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我的撤军行动受到了全国各界的一片欢迎，连孙中山都在上海发表通电，对我的行动予以欢迎，我想我要是乘胜命令联军攻入广东，在广东一省孤立无援的情况下，陈炯明恐怕也支持不了多久，但是孙中山和同盟的最终目标是一致的，只不过手段有点不同罢了，因此，不论怎么样，我都是不会去进攻他的，同盟一撤军，各路军阀自然作鸟兽散，毕竟在西南平定后，各省对国民也算有个交待了，再加上家家都有本难念的经，广东和大部分的省份并没有什么利害冲突，没有了带头的，自然全部打道回府了。
联军由于纪律严明，因此进入四川后受到了四川各界的热烈欢迎，他们的军纪要比四川本省的军队好得多，突然要撤走，四川各界颇有些舍不得，张景惠的府邸整天被绅商各界的要人挤满，都是劝留的人，张景惠在我的特地嘱咐下，却和这些人谈起了实业，他拚命的鼓吹同盟良好的投资环境，让不少报有实业救国心态的人心动不已，张景惠的行动在四川留下了巨大的影响，在四川当地的报纸上他的生意经被广为转载，被认为是一介武夫的居然大谈生意经，也不能说不是一个奇闻。
月1日，国民军各部首先撤军，他们乘坐轮船顺江而下，在到达汉口后将会通过京汉铁路回到北方，然后奔赴新的驻地，履行新的使命。第二军将会部署在察南的大同，担任察绥方向的前线指挥机构。当日，重庆各界绅商、普通的市民、附近闻讯而来的普通农夫纷纷涌向重庆的码头欢送国民军将士，这一幕被随军的同盟记者写成特稿发表在此后几天的各种报纸上，国民军文明之师的形象开始深入全国各界的心中。
国民军的纪律严明、训练有素对此后的中国各省军队产生了巨大的影响，西南战争国民军不过万人，北军总数一直处于劣势，在战争开始的阶段，北军似乎十分被动，但是联军顺利突破巫山的行动顿时使形势发生逆转，唐继尧十万大军顿时灰飞烟灭，最后落的个被迫下野的下场，能取得如此辉煌的胜利，除战略上的出其不意外，军队的素质、战斗力也是十分关键的。自此以后，各省军队都开始十分注重士兵的素质、军队的纪律，也开始不再追求简单的数量，军队的装备开始越来越受到重视，因为国民军在巫山之战中的强大的轻重活力给参战的各省军队留下了深刻的影响，对于这些参战的各省军队或许这是他们最大的收获。
由于没有战事，因此远征的国民军并没有快速前进，一场大战后，让部队有适当的休息从来在国民军中就不会有任何异议月15日，第二军军部到达了大同，大同交通便利，据此西可援绥远，北可屏障察哈尔，东可威胁北京，南通过雁门关可威胁山西太原，它也是察哈尔省最大的城市，只是察哈尔的省会却在它东北方向的张家口月10日，孙中山志得意满从上海乘坐护法海军军舰回到广州重建护法政府。
他心情很好固然是因为粤军收回广东，从此他不再会像过去一样四处漂泊，毕竟广东是他的故乡，虽然唐继尧的势力灰飞烟灭了，但是联军解散也使他去掉了最大的担忧，没有了联军，在他看来广东革命根据地是不会有危险的，除此之外，俄国和共产国际代表马林在7月份亲自和他会面，向他转交了列宁的信，并向他表达了俄国对他的支持，这也让他高兴万分。孙中山革命这么多年，尽管竭力讨好列强，但是各国政府从没有真正支持过他，俄国和列宁的态度让他倍受鼓舞。
孙中山的好心情我现在没有，虽然赢得了大战，但是同盟却没有立即赢得任何实际上的好处，倒是万人的军队的远征花了我不少的军费，这对于花一分钱都要议会批准的我来说，并不是什么好消息，一年之内两场战争，我今年的军费已经紧张了，幸好那些议员们在我看来十分通情达理，又给我接济了一点钱。除了财政，我现在烦的是如何找到合适的借口，以使国民军顺利的进入新疆。
新疆有约150万平方公里，土地辽阔、资源丰富，但是人口却十分稀少，前清宣统年间的统计是40万户、200万人。天山横亘新疆中部，其北为北疆，虽然这里也有大片适合农耕的土地，但是这里却是游牧人蒙古人、哈萨克人、锡伯人、游牧回人的家园。天山以南包括天山东部的哈密、吐鲁番在内是南疆，这里只有天山上的草原有游牧蒙古人，其它都是从事绿洲农业维吾尔人，他们的人口在100万以上。绿洲农业天然的是灌溉农业，这里的农民依靠天山、昆仑山的积雪融水灌溉耕地，杨增新当政后十分注意作为经济命脉的农业，对水利设施进行了修缮，现在新疆的耕地在1000万亩以上。
新疆像内地一样设有省、道、府、县机构，这种行政区划比同盟的省份多两级，因此官员的人数就多了不少，庞大的官僚机构需要新疆民众的血汗钱来养活，同时新疆还有一套前清保留下来的在蒙、回、藏等边疆地区实行的扎萨克汗王制度，这种制度下，这些蒙回扎萨克贵族不但享有大量的经济特权，同时他们还在政治上享有某种和正式的政府机构平行的治理权，这种制度下，新疆民众的负担不但比同盟的省份要大的多，而且比内地省份的也要大，因此新疆民众的反抗贵族的行动一直就没有停止过，而政府为了维持统治往往和扎萨克贵族结成同盟，因此民众的反抗总是对准这两者同时进行。
自同盟通过土地法案后，首先是奉天、黑龙江的蒙古牧民分配到了大量的无主荒地或政府通过各种手段从扎萨克贵族处购买的牧场，由于大量的牧民脱离原有的土地，扎萨克们被迫不断降低了牧民使用他们牧场所支付的报酬，由于荒地和政府土地的竞争，扎萨克土地的收益不断下降，为了维持原来的经营，扎萨克被迫进行变革，他们或者自己高价雇用牧民亲自经营收益较高的商品性的牧场，或者向牧民出让牧场的永佃权，或者干脆把土地出卖了事，现在东三省扎萨克仅仅是一种称号而已了，热河、察哈尔、绥远自从落入同盟控制中后，也开始在这条道路上向前演变。而漠北两省则有所不同，由于有叛变的历史，那些扎萨克们都被请到了沈阳，他们的土地通过国民军的铁犁被强行收购，少数曾经纪录严重不好或者在国民军进入后又被证明怀有异心的人的土地被没收，然后通过一场由军队强行进行的运动一次性的把所有能够利用的牧场全部分配给了牧民，这样那些曾经低贱的牧民们如今趾高气扬起来了，而那些到了沈阳的扎萨克们也被迫过起了新的自营性的商业生活。经过一年的时间，贫民中的某些人开始通过各种途径经营起了大型的牧场放牧羊群，向市场出售羊皮、羊毛、羊肉、羊奶，在冬季则购入东北的玉米等粮食作物喂养羊群，由于较高的回报，新疆有一些贫苦的农牧民到同盟的省份的农牧场中当工人，他们的收入要比他们在家乡好得多。新的视野刺激了他们的野心，他们也企图在新疆实行相同的变革，同盟派往新疆的特工大部分就是从这些人中选出来的。
杨增新这个人是十分保守的，他是不会抛弃作为他统治基础的扎萨克们的，我的策略却是和他完全相反的，我同下层结盟，通过下层的力量来逼迫上层向我妥协，我始终认为，如果可行，不断改良总是优于激烈的革命的，为了逼迫新疆的扎萨克们屈服，必须向他们施加压力，这就是我在新疆策划动乱的根源，在获悉了他们近邻的遭遇后，新疆的扎萨克们对同盟有很大的敌意，这使得杨增新总是对同盟保持时刻的警戒，为了顺利的进入新疆，而又不给关内各方诸侯落下把柄，我必须有名正言顺的理由，最好是要让杨增新把我主动请进去，要达到这样的效果，就必须要使新疆乱，乱到杨增新无法应付。
利用新疆的反抗力量就是为了达到这样的效果，我支持哥萨克进入新疆也是为了这个原因，桀骜不驯的哥萨克在新疆这种环境中很容易被鼓动起来，何况他们的在东三省的同胞已经获得了远好于他们的待遇。为了推动新疆的反抗形势，除了派出大量的特工进行鼓动、串联、组织外，在中情局的策划下，各方面的反抗力量还开始了通过漠北草原到东三省的军火走私生意，通过这种生意，东三省的军工厂获得了大量的订单，新疆反抗力量也被武装起来。
这里面就必须提到两个人，小铁木耳和亚历山大。小铁木耳就是那个曾经被杨增新招抚的铁木耳的儿子，当老铁木耳被招抚后，小铁木耳就代替他的父亲在东疆的老家打理家事，他们本来认为该出头了，但是杨增新的行动让他们伤透了心，他的兄弟、堂兄弟、以及很多一起长大的族人都在那时惨死，为了躲避灾祸，小铁木耳和那些受牵连的人只好落草为寇，干起了劫富济贫的行当。老铁木耳虽然死了，但他的大名并没有消失，反而随着他的死越来越受到各方的注意，小铁木耳正是凭借这一点，年纪轻轻就成为了一方的头领。
而亚历山大则又有另一个经历。亚历山大，本名巴奇赤，哥萨克人，曾作过白俄军官，他在与国民军的作战中被俘，后被中情局看中，于是他在公开场合就被宣布在战斗中失踪，从此化名亚历山大，以商人的名义从事军火走私和在新疆哥萨克中的联络、鼓动活动。
现在来到中国的俄罗斯人有一种奇怪的变化，那就是在公开场合他们喜欢被称为哥萨克人。而实际上尽管来中国的俄国人中有80%都是哥萨克，但是还有大量的人并不是真正的哥萨克，因为哥萨克本不是民族民称，而只是一种从事游牧的职业团体。而到现在在中国人们都称俄人为哥萨克，哥萨克演变成了比俄罗斯还要受本民族人欢迎的民族民称。哥萨克领袖们阐述的理由是这个名称反映了他们来到中国的初衷，那就是他们是因为反对布尔什维克的**、追求自由而来中国的，而哥萨克正是俄语自由人的意思。