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开学对普通学子而言，意味着又要写作业了，不能再无忧无虑玩耍了，然而，对于少年侦探团而言，开学就意味着他们可以接到更多的活了。
“柯南怎么没来呀？小哀，你知道吗？”
一节课结束后，步美看着柯南空荡荡的座位，很是关心，便问起了跟柯南家很近的灰原。
灰原淡淡的道：“那位毛利侦探腿摔断了，我想柯南应该是在医院陪他吧。”
“啊，沉睡的小五郎摔断腿了，我们放学后去看望一下他吧！”步美大惊，立即向侦探团的其他成员提议道。
她的话获得了光彦和元太的一致赞同，灰原哪怕不发表意见，也被默认会一起去。
之后，课间活动时间，灰原被拉着一起去玩，本来只是一次正常的玩耍，但她却猛然感觉自己被盯上了……
是组织的气息！是谁？
灰原骇然环顾四周，可四周全部都是小孩子，根本没有身穿黑衣的大人，难道是在教学楼？
“小哀，你怎么了？”步美察觉到她的异样，关心的问道。
“没什么，我先回教室了。”灰原径直离去，留下三个茫然的小孩。
等到下午，柯南回来上学，步美三人当即迎上去，没有询问毛利小五郎的情况，而是将灰原的异样告诉了他。
“小哀好像在害怕什么东西。”步美凭借自己的直觉，以及女生对女生的了解，说出了自己的判断。
“害怕？”柯南看向灰原，那状态的确有点不对，他没有再听元太和光彦的分析，回到了座位，等到上课后，他才小声的询问道，“灰原，出什么事了？”
灰原沉默了良久，在柯南问了几遍后，她才缓慢而又忧虑的道：“我被盯上了，被组织的人！”
柯南：“！！！”
“我能感觉到，有一双眼睛，正在暗处死死的盯着我！”灰原低沉的说道。
柯南勉强露出一丝笑容，安慰道：“是不是你太敏感了？其实不是组织的人……”
“不，那种气息，绝对不会错的！”灰原异常的肯定，“组织成员绝对已经混进了这所学校，可能化身为教职员工了！”
柯南心头不由一沉，灰原不会无的放矢，也就是说，真的有组织成员潜伏到了他们身边了，是谁？会是谁？
这个疑问一直到放学都没能解开，柯南觉得这需要花时间来观察校内人员，只是组织会给他们时间吗？
来到换鞋的鞋柜，元太从鞋柜里发现了一封委托信，兴奋的找不到北，步美和光彦也兴奋不已，而灰原也在她的鞋柜发现了一封信，信上写着‘终于找到你了，不要试着逃跑，否则我会杀光学校里的人’。
灰原颤抖不已，柯南凑过来一看，倒抽了一口凉气，灰原是真的被组织成员盯上了！
目前就是不确定是单个成员知道，还是组织都知道了。
“柯南，灰原同学，快来呀，又有人委托我们了，让我们去隔壁A班。”光彦招呼道。
灰原将纸张撕掉，撕成碎片，然后放进了口袋。
“啊，我鞋柜里好像有东西丢了，我去查一下监控。”柯南说着对灰原使了个安心的神色，然后快步冲了出去。
其他人作为一个整体，自然也跟着一起去了，可惜的是，监控摄像头装的位置是在角落上方，只能拍到鞋柜的背面，没拍到正面，唯一能确定的，就是没有大人进入。
柯南眉头一皱，看着监控画面想到了一种可能，但这太离谱了！
面对步美等人的询问，柯南敷衍了过去，跟着他们一起来到了A班，见到了名叫本田优的男生。
灰原一进教室，浑身一震，死死的盯着本田优，她在这个人身上感受到了组织的气息，可是这怎么可能呢？为什么会是一个小孩子？
柯南见状，脑海中瞬间将刚才看的监控画面中的某个孩子与前面这个委托人重合，然后他将灰原拉到一旁，低声询问道：“他就是你说的组织成员吧？你见过吗？是侏儒？还是说……”
灰原深吸了一口气，大脑疯狂运转，然后眼前这道身影和脑海中那个人重合，“朱奈瑞克！”
“嗯？”柯南连忙追问起来。
灰原退到了门口，低声道：“他比我小一岁，和我一样是搞研究的，只是他研究的是记忆。他虽然是个天才，但却是个内向的人，国外读书时会被人欺负，我帮过他几次，他也帮我研究过药物，后来他被组织调走去研究记忆了。”
“那他现在这副身体是吃药了？是被组织灌下的？”柯南忍不住问道，“算了，你怎么会知道嘛。”
“我曾经少了一颗药。”灰原幽幽的道。
柯南：“！！！”
“柯南，小哀，这位同学邻居家的一位姐姐失踪了，我们过去了解情况吧。”步美跑上前说道。
柯南大惊，这太危险了，哪怕这个组织成员可能是逃脱出来的，但叛逃者不一定就是善类啊！跟这个人走得近，会很危险的，更何况，灰原还收到了那封恐吓信，在这种情况下，绝对不能让这几个孩子去。
一念及此，他以上厕所为借口，让侦探团等一下，自己则跑到厕所，直接给星野空打电话。
跟这帮孩子是说不通的，那么与其让孩子们跟这种危险分子接触，不如换一个变态。以阿空的武力值，无论那家伙要耍什么花招，都可以应对。
自己就算用上博士发明的所有道具，都可能奈何不了阿空，而这个区区叛逃的科学家，有自己的道具多吗？
只有同为变小之人，才会明白六七岁的身体，是何等的孱弱，不借助道具的情况下，根本无法与成年人抗衡，更何况是阿空这种变态。
阿空的武力，再加上自己的智慧，绝对能揭穿这个朱奈瑞克的阴谋，找人什么的，很可能只是个诱饵罢了。
……
星野空接到柯南的电话，一阵头大，少年侦探团这帮家伙又要去破案？其实他是不想管的，但柯南却说灰原状态不好，还要去破案。
“唉，我在校门口等你们。”
星野空离开美食部，回家带上奶果，直奔帝丹小学，等了数分钟，见到柯南一行人走出校外，他当即迎了上去。